در اجراي ماده 10 قانون تشكيل هياتهاي امناي دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالي و پژوهشي (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ 23/12/67 شوراي عالي انقلاب فرهنگي)، رسيدگي به حسابهاي سالانه دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالي و پژوهشي كه بر اساس مجوزهاي رسمي وزارت فرهنگ و آموزش عالي تاسيس شده يا مي‌شوند و در اين آيين نامه «مؤسسه» ناميده مي‌شوند، تابع ضوابط زير خواهد بود:
ماده 1 - به منظور نظارت بر حسن اجراي قوانين و مقررات و مصوبات هيات امنا و حصول اطمينان از وصول درآمدها و مصرف صحيح منابع مالي و رعايت اصول و موازين حسابداري و كارايي سيستم كنترل داخلي، هيات امناي هرمؤسسه از بين حسابرسان مستقل واجد شرايط معرفي شده توسط كميسيون دائمي، نسبت به تعيين حسابرس مؤسسه و حق‌الزحمه حسابرسي و تنظيم قرارداد اقدام نمايد.
تبصره - رئيس كميسيون دائمي هيات امنا به عنوان نماينده هيات امنا با حسابرس تعيين شده براي هر مؤسسه قرارداد منعقد مي‌كند. حق‌الزحمه حسابرسي از بودجه همان مؤسسه پرداخت ميشود .
ماده 2 - حسابرس مؤسسه از بين اشخاص حقيقي يا حقوقي واجد شرايط زير انتخاب ميشود:
الف) سازمان حسابرسي
ب) حسابداران رسمي عضو جامعه حسابداران رسمي موضوع قانون استفاده از خدمات تخصصي و حرفه اي حسابداران ذيصلاح
ج) مؤسسات حسابرسي كه از سوي انجمن حسابداران خبره ايران به عنوان حسابرس مستقل انتخاب شده‌اند.
د) اشخاص حقيقي و حقوقي كه صلاحيت آنها به تاييد هيات عالي نظارت سازمان حسابرسي و يا كميسيون دائمي هيات امنا رسيده است .
ماده 3 - حسابرس منتخب نسبت به مواد زير كه در قرارداد حسابرسي نيز منعكس ميشود رسيدگي و اظهار مي‌كنند:
الف) صورتهاي مالي سالانه كليه حسابهاي مستقل مؤسسه و ساير منابع و اعتباراتي كه ابلاغ مي‌گردد.
ب) سيستم كنترل بودجه‌اي به منظور حصول اطمينان از رعايت بودجه تفصيلي مصوب هيات امناي مؤسسه
ج) ساختا كنترل داخلي به منظور كسب اطمينان از رعايت قوانين و مقررات مربوط به مصرف منابع مالي مؤسسه
ماده 4 - حسابرس منتخب گزارش حسايرسي را به كميسيون دائمي هيات امناي مؤسسه تسليم نموده تا پس از بررسي در كميسيون مذكور در اختيار هيات امنا قرارگيرد.
ماده 5 - رئيس مؤسسه مكلف است به طريق مقتضي تسهيلات لازم براي انجام عمليات حسابرسي موضوع ماده 3 اين آيين‌نامه را فراهم نمايد.
ماده 6 - اين آيين‌نامه در 6 ماده و يك تبصره در تاريخ 19/8/1378 به تصويب هيات امنا دانشگاههاي منطقه شمال شرق كشور رسيد.