پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC) از اواخر سال 1398 با ابلاغ رسمی وزیر محترم علوم، تحقیقات و فناوری، ارزیابی و رتبه‌بندی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی کشور را آغاز نمود. هر چند در طول 10 سال گذشته اين رتبه‌بندی توسط پایگاه مذكور انجام مي‌شود ولی در سال 1399 رتبه‌بندی و ارزیابی دانشگاه‌های دولتی تحت نظارت وزارت عتف با معیارها و شاخص‌های جدید و نیز روششناسی کاملاً متفاوت نسبت به قبل و با هماهنگی و نظارت کامل کارگروه تخصصی رتبه‌بندی وزرات انجام و نتایج آن اعلام گرديد. طبق نتایج منتشر شده توسط ISC، دانشگاه فردوسي مشهد در ارزیابی سال 99- 1398، در بازه رتبه‌اي 10-1 دانشگاه‌های جامع وزارت علوم، تحقيقات و فناوري قرار گرفته است.
در رتبه‌بندي جديد با توجه به نزدیک بودن امتیازات دانشگاه‌ها، انتخاب بازه‌های رتبه‌ای به جای رتبه مطلق در اعلام نتايج مد نظر قرار گرفته است. همچنين معيارهاي رتبه‌بندي از پنج معيار به شش معيار شامل آموزش (با وزن 30 درصد)، پژوهش (با وزن 25 درصد)، فناوري و نوآوري (با وزن 20 درصد)، بين‌المللي‌سازي (با وزن 10 درصد)، اثرگذاري اقتصادي (با وزن 10 درصد) و خدمات اجتماعي، زيرساخت و تسهيلات (با وزن 5 درصد) تغيير نموده است. بر اين اساس دانشگاه فردوسي مشهد موفق شده است در معيار آموزش رتبه 4، معيار پژوهش رتبه 3، معيار فناوري و نوآوري و معيار بين‌المللي‌سازي رتبه 2، معيار اثرگذاري اقتصادي رتبه 1 و معيار خدمات اجتماعي، زيرساخت و تسهيلات رتبه 5 را كسب نمايد.
همچنين يكي ديگر از نوآوري‌هاي انجام شده در نظام رتبه‌بندي جديد توسط پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC)، مقايسه دانشگاه‌هاي جامع و صنعتي با يكديگر تحت عنوان "درهمكرد" مي‌باشد. دانشگاه در اين رتبه‌بندي نيز موفق شده است در دانشگاه‌هاي دسته اول يعني بازه رتبه‌اي 15-1 قرار گيرد.
مشاهده نتايج تفصيلي دانشگاه‌هاي برتر جامع كشور
مشاهده نتايج تفصيلي دانشگاه‌هاي برتر جامع و صنعتي كشور (درهمكرد)