نظام رتبهبندی شانگهای یکی از معتبرترین نظامهای رتبهبندی بینالمللی است که به صورت سالانه عملكرد علمي دانشگاهها و موسسات تحقيقاتي سراسر جهان را به صورت كلي و موضوعي براساس شاخصهاي مختص به خود خود مورد ارزيابي و رتبهبندي قرار ميدهد. بر اساس این نتایج، دانشگاه فردوسي مشهد رتبه 5 در ميان دانشگاههاي تابع وزارت عتف، رتبه 3 در میان دانشگاه جامع کشور و رتبه 800-601 را در جهان كسب نموده است.
همچنین در رتبهبندی موضوعی این نظام در سال 2019، دانشگاه فردوسي مشهد موفق به كسب رتبه در میان 500 دانشگاه برتر جهان در 7 رشته مهندسي مكانيك، مهندسي برق و الكترونيك، مهندسي شيمي، علوم و مهندسي انرژي، علوم و فناوري غذايي، مهندسي متالوژي و دامپزشکی شده است.