مؤسسه استنادي علوم و پايش علم و فناوري (ISC) پس از یک دهه رتبه‌بندی ملی دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌های کشور و نیز چندین دوره رتبه‌بندی دانشگاه‌های جهان و جهان اسلام، از سال 1399 اقدام به رتبه‌بندی دانشگاه‌های جهان بر اساس حوزههای موضوعی نموده است و در سال 1400 برای دومین سال پیاپی این رتبه‌بندی را با تغییرات جزیی در روش‌شناسی انجام داده است.
در اين رتبه‌بندی تمامي حوزههای موضوعی در ۶ رده اصلی و ۴۲ زیر رده قرار گرفته‌اند که رده‌هاي اصلی شامل علوم طبیعی، مهندسی و فناوری، علوم پزشکی و بهداشت، علوم کشاورزی، علوم اجتماعی و علوم انسانی مي‌باشند. دانشگاه‌های هدف نيز به منظور رتبه‌بندی در هر حوزه موضوعی، دانشگاه‌هایی هستند که به لحاظ تعداد انتشارات در آن حوزه جزء ۷۰۰ دانشگاه اول جهان باشند و در بازه زمانی سه ساله، حداقل ۱۵۰ مدرک در هر حوزه موضوعی منتشر کرده و در پایگاه InCite ثبت نموده باشند. همچنين اين رتبه‌بندي بر اساس سه معیار کلی "پژوهش"، "فعالیت بین‌المللی" و "نوآوری" انجام می‌گردد. در رتبه‌بندي حاضر دانشگاه فردوسی مشهد موفق شده است در حوزههای موضوعی علوم طبیعی رتبه 700-601، مهندسی و فناوری رتبه 600-501 و علوم کشاورزی رتبه 350-301 را کسب نماید و در رشته‌های مختلف نيز حائز رتبه‌های قابل توجهی گردد.