نظام رتبه‌بندی لایدن یکی از نظام‌های معتبر بین‌المللی است که بر اساس معیارهای پژوهشی، دانشگاه‌های جهان را به صورت کلی و موضوعی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می‌دهد. 22 شاخص این نظام در 4 دسته ”تأثير علمي“، ”همکاری‌های علمی“، ”دسترسی آزاد“ و ”تنوع جنسیتی“ طبقه‌بندی شده است و رتبه دانشگاه‌ها به تفکیک هر یک از شاخص‌ها اعلام می‌شود. اما معمولاً رتبه مربوط به شاخص ”تعداد مقالات از مجموعه تأثير علمي“ به عنوان رتبه مبنا در اطلاع‌رسانی‌ها معرفی می‌شود.
بر این اساس، در رتبه‌بندي كلي سال 2023 در شاخص ”تعداد مقالات“ از دسته شاخص‌های ”تاثير علمي“ که مبنای اعلام رتبه دانشگاه‌ها می‌باشد، دانشگاه فردوسی مشهد رتبه 466 در جهان، رتبه 181 در آسیا، رتبه 6 در میان دانشگاه‌های تابع وزارت عتف و رتبه 3 در بين دانشگاه‌هاي جامع وزارت عتف را كسب نموده است كه در میان دانشگاه‌های جهان 21 پله و در آسیا 19 پله تنزل رتبه داشته است. همچنین در کشور 1 پله نسبت به رتبه‌بندي سال 2022 صعود داشته و در مقايسه با دانشگاه‌هاي جامع وزارت عتف تغيير رتبه نداشته است.
در رتبه‌بندي موضوعي اين نظام نيز دانشگاه فردوسي مشهد موفق به كسب رتبه 217 در حوزه موضوعي رياضيات و علوم كامپيوتر، رتبه 259 در حوزه موضوعي علوم زيستي و علوم زمين، رتبه 262 در حوزه موضوعی علوم فيزيكي و مهندسي و رتبه 898 در حوزه موضوعي علوم بيو‌پزشكي و بهداشتي شده است که نسبت به سال گذشته در کلیه این موارد تنزل جایگاه داشته است. ولي در حوزه علوم اجتماعي و انساني دانشگاه موفق به كسب رتبه 749 شده است كه نسبت به سال قبل رتبه بهتري را كسب نموده است.