پايگاه استنادي علوم جهان اسلام (ISC) هر ساله دانشگاه‌هاي جهان، جهان اسلام و كشور را رتبه‌بندي مي‌نمايد و از سال 1399 به عنوان تنها مرجع رسمي رتبه‌بندي دانشگاه‌هاي كشور از سوي وزارت علوم، تحقيقات و فناوري معرفي گرديده است.
بر اين اساس و طبق تازه‌ترين نتايج منتشر شده توسط ISC، دانشگاه فردوسي مشهد در ارزيابي سال 1401- 1400، موفق به كسب جايگاه دوم در بين دانشگاه‌هاي جامع وزارت علوم، تحقيقات و فناوري شده است. همچنين در رتبه‌بندي يادشده، مقايسه دانشگاه‌هاي جامع، صنعتي، كشاورزي، هنر و دانشگاه‌هاي دستگاه‌هاي اجرايي كشور تحت عنوان "درهمكرد" انجام شده و دانشگاه فردوسي مشهد موفق شده است در اين رتبه‌بندي رتبه 3 را كسب نمايد و بالاتر از دانشگاه‌هايي همچون صنعتي اميركبير و صنعتي شريف قرار گيرد.