مؤسسه استنادي و پايش علم و فناوري جهان اسلام (ISC)، مهمترین و معتبرترین مرجع ارزیابی و رتبه‌بندی دانشگاه‌های جهان اسلام و کشور است که بر اساس 13 شاخص در چهار محور "آموزش، پژوهش، فعالیت بین‌المللی و نوآوری"، دانشگاه‌ها را در سه سطح جهان، جهان اسلام و کشور، ارزیابی و رتبه‌بندی می‌نماید.

بر اساس گزارش معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع، در جدیدترین نتایج رتبه‌بندی در سطح جهان و جهان اسلام در این نظام، دانشگاه فردوسی مشهد موفق به ارتقاء جایگاه خود شده است. بر این اساس، دانشگاه فردوسی مشهد در سال 2023، در میان 2555 دانشگاه در جهان، موفق به احراز رتبه در میان 1000 دانشگاه برتر جهان شده است.  همچنین در میان 377 دانشگاه جهان اسلام، با 20 پله صعود، موفق به احراز رتبه 51 گردیده است.