با انجام طرح مطالعاتی ساماندهی ساختار سازمانی دانشگاه فردوسی مشهد، نمودار سازمانی این دانشگاه پس از بررسی و تائید در هیأت محترم رئیسه و هیأت محترم امنای دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی استان خراسان رضوی، مورد تصویب وزیر محترم علوم قرار گرفت و ابلاغ گردید.
از جمله خلاء‌های دانشگاه فردوسی مشهد با وجود گسترش کمی و کیفی این دانشگاه در چند سال اخیر و شرایط نوینی که با آن مواجه بوده، متناسب نبودن ساختار مصوب قبلی دانشگاه (مربوط به سال 1370) با ماموریت‌ها و شرایط حال حاضر بوده است.
به دلیل وجود این خلاء و ضرورت طراحی و استقرار ساختار متناسب دانشگاه و دستور هیات محترم رئیسه دانشگاه معاونت طرح و برنامه ماموریت یافت نسبت به بازنگری و اصلاح ساختار سازمانی دانشگاه اقدام نماید. طرح ساختار سازمانی دانشگاه پس از بررسی قوانین و مقرارت بالادست، آسیب‌شناسی وضعیت موجود ساختار دانشگاه و انجام بررسی‌های کارشناسی در سطوح مختلف کارشناسان مدیران و معاونان و هیات رئیسه محترم، با اتخاذ رویکرد فرایندی و ماموریت‌گرا و انسجام‌بخشی به وظایف و ماموریت واحدها به هیات محترم رئیسه ارائه و پس از بررسی طی جلسات متعدد در هیات محترم رئیسه مورد تایید قرار گرفت. ساختار پیشنهادی دانشگاه پس از طرح در جلسات کمیسیون دایمی هیات امنا و کارگروه متشکل از نمایندگان وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و دانشگاه در ششمین جلسه مورخ 12/3/95 هیات امنای دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی استان خراسان رضوی به تصویب رسید و پس از تایید وزیر محترم علوم تحقیقات و فناوری در تاریخ 29/9/95 به دانشگاه فردوسی مشهد ابلاغ شد.
از جمله مهمترین ویژگی‌های ساختار جدید می‌توان به موارد ذیل اشاره نمود:
هماهنگی و یکپارچه‌سازی مجموعه فعالیت‌های بین‌المللی دانشگاه در قالب مدیریت همکاری‌های علمی بین‌المللی و امور دانشجویان غیرایرانی و برجسته نمودن ماموریت توسعه ظرفیت‌های همکاری‌های بین المللی در این مدیریت؛
شکل‌گیری مدیریت برنامه‌ریزی و توسعه آموزش در ساختار معاونت آموزشی، و انسجام بخشی به مجموعه فعالیت‌های برنامه‌ریزی رشته‌ها، برنامه‌ریزی و نظارت بر برنامه و محتوای تدریس، برنامه‌ریزی ظرفیت‌های پذیرش در خصوص انواع دانشجویان و انواع دوره‌ها، و برنامه‌ریزی جذب دانشجو از جمله استعدادهای برتر ذیل مدیریت مذکور؛
واگذاری ماموریت ارزیابی و نظارت بر عملکرد آموزشی اعضاء هیات علمی به معاونت آموزشی؛
انسجام‌بخشی به مجموعه فعالیت‌های توسعه و انتقال فناوری از جمله مالکیت فکری، و ارتباط با صنعت در مدیریت توسعه و انتقال فناوری؛
شکل‌گیری مدیریت نشر آثار علمی و مدیریت شبکه آزمایشگاه‌ها با هدف ارتقا نشر دانشگاه فردوسی مشهد و نیز ارتقا و توسعه خدمات آزمایشگاهی و انسجام‌بخشی به مجموعه فعالیت‌های مرتبط با این دو حوزه ذیل این دو مدیریت؛
شکل‌گیری واحد دبیرخانه هیات‌های جذب و ممیزه به منظور تجمیع ارزیابی‌های آموزشی پژوهشی و فرهنگی اعضاء هیات علمی جهت طرح در هیات‌های مذکور؛
ادغام معاونت‌های فرهنگی اجتماعی و دانشجویی با رویکرد انسجام بخشی و بهره‌گیری از ظرفیت‌های امور دانشجویی در پیشبرد رسالت‌های فرهنگی دانشگاه، و برجسته نمودن امر مطالعات، پایش و برنامه‌ریزی ارتقا شاخص‌های فرهنگی اجتماعی در دانشگاه؛
برجسته نمودن نظارت‌های راهبردی در کنار امر برنامه‌ریزی و بودجه‌ریزی، و نیز برجسته نمودن ماموریت توسعه منابع انسانی، مالی و تحول سازمانی با بهره گیری از ظرفیت‌های فناوری اطلاعات و ارتباطات در معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع؛ و
انسجام‌بخشی به مجموعه فعالیت‌های حوزه اداری مالی در قالب سه مدیریت مالی- اداری، پشتیبانی و مدیریت حقوقی.
لازم به یادآوری است پس از ابلاغ ساختار کلان دانشگاه، ساختار تفصیلی دانشگاه فردوسی مشهد توسط معاونت طرح و برنامه در حال مطالعه، بررسی و تدوین با همکاری و هماهنگی معاونت‌ها، دانشکده‌ها و واحدهای تابعه دانشگاه می‌باشد.
