بنا بر نتایج نظام رتبهبندی لایدن در سال 2019، دانشگاه فردوسی مشهد موفق به کسب رتبه 470 در جهان شده است و در سطح کشور نیز در فهرست سه دانشگاه برتر جامع کشور قرار گرفته است. این دانشگاه همچنین موفق به کسب جایگاه ممتاز جهانی در زمینههای ریاضیات و علوم کامپیوتر (با رتبه 176) و علوم فيزيك و مهندسي (با رتبه 246)، علوم زيستي و علوم زمين (با رتبه 292) شده است.
نظام ارزیابی لایدن یکی از نظامهای معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاههای برتر دنیا را بر اساس شاخصهای معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبهبندی قرار میدهد. این نظام، دانشگاهها را بر اساس تولیدات علمی نمایه شده آنها در پایگاه استنادی web of Science مورد ارزیابی قرار میدهد و شاخص های مورد استفاده در آن مجموعهای از شاخصهای پیچیده کتابشناختی، در حوزههای تأثیر علمی، همکاریها، دسترسی آزاد به انتشارات و تنوع جنسیتی دانشگاهها میباشد.