دانشگاه فردوسی مشهد موفق به حضور در میان دانشگاه برتر جهان در نظام رتبه‌بندی بین‌المللی لایدن شده است. بر اساس نتایج شال 2017 این نظام، دانشگاه فردوسی مشهد موفق به کسب رتبه جهانی 509 در این نظام شده است. همچنین در میان دانشگاه‌های آسیایی، رتبه 158 را از آن خود کرده است. دانشگاه فردوسی مشهد در سطح کشور، پس از دانشگاه‌های تهران و شیراز به عنوان سومین دانشگاه جامع برتر کشور شناخته می‌شود.

لازم به توضیح است نظام رتبه بندی لایدن عملكرد علمي حدود دانشگاه‌های برتر جهان را به صورت سالانه بر اساس شاخص‌هاي علم‌سنجي رتبه‌بندي می‌نماید.

مشاهده نظام های رتبه بندی