بنا بر آخرین رتبه‌بندی نظام ارزیابی لایدن، دانشگاه فردوسی مشهد در سال 2018 برای نخستین بار در فهرست 500 دانشگاه برتر جهان قرار گرفت.
نظام ارزیابی لایدن یکی از نظام های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص‌های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می‌دهد. در سال ۲۰۱۸ ، دانشگاه‌های دنیا در 11 شاخص در قالب دو معیار کلی تاثیر علمی و همکاری‌های علمی در لایدن مورد رتبه‌بندی قرار گرفتند. این ارزیابی ها از تولیدات علمی دانشگاه‌ها در سال های ۲۰۱۳ الی ۲۰۱۶ از پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده کرده است.
معیار تاثیر علمی (مرجعیت علمی) از شاخص‌هایی چون مقالات یک درصد برتر، مقالات ۵ درصد برتر، مقالات ۱۰ درصد برتر و مقالات ۵۰ درصد برتر بهره گرفته است. معیار همکاری‌های علمی نیز از شاخص هایی چون همکاری علمی، همکاری بین‌المللی، همکاری صنعتی، همکاری علمی با فاصله جغرافیایی کمتر از ۱۰۰ کیلومتر و همکاری علمی با فاصله جغرافیایی بیشتر از ۵۰۰۰ کیلومتر استفاده کرده است.
دانشگاه فردوسی مشهد با رشدی قابل توجه در اکثر شاخص‌های این نظام موفق به بهبود جایگاه خود در جهان، آسیا و ایران شده است. به خصوص در شاخص تعداد مقالات در گروه شاخص‌های تاثیر علمی موفق به احراز رتبه 478 در میان دانشگاه‌های جهان شده و برای اولین بار در میان 500 دانشگاه برتر جهان قرار گرفته است. در سطح آسیا نیز در اکثریت شاخص‌های این نظام در میان 200 دانشگاه برتر قرار داشته و در سطح کشور نیز در جمع برترین دانشگاه‌های جامع کشور حضور دارد.