پايگاه استنادي علوم جهان اسلام (ISC) بر اساس دو نظام جداگانه، دانشگاه‌هاي جهان اسلام و كشور را رتبه‌بندي مي‌نمايد.
رتبه‌بندي دانشگاه‌هاي جهان اسلام در نشست فوق‌العاده وزراي آموزش عالي و تحقيقات علمي كشورهاي اسلامي در سال 2011 به پايگاه استنادي علوم جهان اسلام واگذار گرديد و پايگاه مذكور براي اولين بار حدود 600 دانشگاه و مؤسسه تحقيقاتي برتر در سطح كشورهاي اسلامي را بر اساس سياست‌هاي كلان علم و فناوري كشور و با استفاده از اطلاعات سال 2013-2014 ارزيابي نمود. رتبه‌بندي مذكور در 5 حوزه كلان علوم پايه، فني و مهندسي، علوم كشاورزي، علوم پزشكي و علوم اجتماعي و بر اساس چهار معيار اصلي تأثير علمي، ديپلماسي علمي، توليد علمي و تأثير اقتصادي انجام مي‌گردد و اطلاعات مورد نياز جهت محاسبه جايگاه هر دانشگاه نيز بر اساس اطلاعات پايگاه‌هاي معتبر بين‌المللي همانند ISI و ESI احصاء مي‌شود.
هم‌اكنون پايگاه مذكور نتايج دومين و سومين دوره رتبه‌بندي دانشگاه‌هاي جهان اسلام را به صورت همزمان اعلام نموده است كه دانشگاه فردوسي مشهد موفق به كسب رتبه 31 در رتبه‌بندي سال 2015-2014 و رتبه 30 در رتبه‌بندي سال 2016-2015 گرديده است و در مجموع نسبت به اولين دوره ارزيابي، 5 پله صعود داشته است.
همچنين پايگاه استنادي علوم جهان اسلام از سال 1389 دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشي كشور را به صورت رسمي و بر اساس معيارها و شاخص‌هاي مصوب ششمين نشست فوق‌العاده وزاري آموزش عالي كشورهاي اسلامي ارزيابي و رتبه‌بندي مي‌نمايد. در جديدترين نتايج منتشر شده توسط ISC، دانشگاه فردوسي مشهد در ارزيابي سال 1396 موفق به كسب رتبه 4 در بين 81 دانشگاه جامع وزارت علوم، تحقيقات و فناوري شده است كه نسبت به سال قبل صعودي نداشته است.