با توجه به نقش محوری دانشگاه فردوسی مشهد در تصمیم سازی، سیاستگذاری و برنامه‌ریزی در حوزه آموزش عالی و اهمیت ایجاد انسجام در امر برنامه ریزی و قانونگذاری در منطقه، با تصویب مراجع قانونی، دبیرخانه هیات امنا به عنوان یک واحد زیر نظر معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع دانشگاه تشکیل گردید.
بر اساس مصوبه هیات امنا، معاون برنامه ریزی و توسعه منابع دانشگاه و رئیس این دبیرخانه به عنوان اشخاص حقوقی کمیسیون دائمی هیات امنا به ترکیب اعضای حقوقی این کمیسیون افزوده شدند.