نظام ارزیابی لایدن یکی از نظام‌های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص‌های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می‌دهد. همچنین این نظام مبناي تحقق جايگاه جهانی دانشگاه فردوسی مشهد در چشم‌انداز دانشگاه (جزء 500 دانشگاه ممتاز جهان) می‌باشد.
بر اساس نتايج ارزيابي كلي سال 2020 نظام لايدن، دانشگاه فردوسي مشهد با 11 پله صعود نسبت به سال 2019، موفق به كسب رتبه 459 شده است. همچنین در رتبه‌بندي موضوعي اين نظام در سال 2020، موفق به كسب رتبه 201 در حوزه موضوعي رياضيات و علوم كامپيوتر، رتبه 226 در حوزه موضوعي علوم فيزيكي و مهندسي، رتبه 289 در حوزه موضوعي علوم زيستي و علوم زمين، رتبه 801 در حوزه موضوعي علوم اجتماعي و انساني و رتبه 880 در حوزه موضوعي علوم بيو‌پزشكي و بهداشتي شده است.
                                                                                                                   (مشاهده نتایج تفصیلی)